Küçük bir balıkçı köyü olarak,tarihinin Milattan öncesine kadar gittiği sanılan semtin bilinen en eski adının , çeşitli kaynaklarda çeşitli şekillerde yazılan (Challae, Chilai, Khile) Skallai (iskeleler) sözcüğünün bozulmuş bir biçimi olan Hallai olduğu ileri sürülmektedir. Osmanlı döneminde Bebek’e ve Bebek adının kökenine ait ilk bilgiler İstanbul’un fethinin hemen öncesine gider. İstanbul’un kuşatılması sırasında ve Rumeli Hisarı yapılırken bu yörede bizans egemenliğinin zayıfladığı, hatta buradaki balıkçı köylerinin Galata’ya bağlı oldukları sanılmaktadır. Başka Evliya Çelebi olmak üzere, bazı kaynaklar,II. Mehmed’in (Fatih) Rumeli Hisarı’nın yapımı ve kuşatma sırasında asayişi sağlamak üzere buraya Bebek Çelebi adlı veya lakaplı bir bölük başı tayin ettiğini; Bebek Çelebi’nin semtte bir köşk ve bir bahçe kurduğunu, ölümünden sonra semtin onun adıyla anıldığını yazmaktadır. IV. Murad döneminde (1623 –1640), padişah, Yeniçeri Ağası Hasan Halife’ye Bebek’te bağlık bahçelik geniş bir arazi ihsan etmiş ve semt bir süre Hasan Halife’nin adıyla birlikte anılmıştır. Yavuz Sultan Selim’in Bebek’te büyük ihtimalle daha sonra Bebek Bahçesi’ndeki ünlü Hümayun abad Kasrı’nın (Bebek Kasrı) bulunduğu yerde bir kasır yaptırdığı, aynı dönemlerde Bebek çevresinde Kayalar mevkiinde bir tekke bulunduğu (Durmuş Dede Tekkesi), IV. Murat döneminde Hasan Halife Bahçesi’nin ününün semti çok açtığı çeşitli kaynaklarda ileri sürülüyorsa da, 18.yy’ın ilk çeyreğine kadar yörenin mamur olmadığı, var olan kasırların terk edildiği, hat bu harabelerde barınan haydut, eşkıya yüzünden kötü bir üne sahip olduğu anlaşılmaktadır. Evliya Çelebi 17.yy ortalarında Bebek Koyu’nun sert havalarda teknelerin barınmasına elverişli olduğunu, ancak Akıntı burnunu aşmanın güçlüğünü belirtir. Akıntı burnundan Rumelihisarı’na doğru, o zamanlar artık padişah mülkleri arasına geçip miri mülk olmuş Hasan Halife Bahçesi’nin daha sonra da Bebek Bahçesi’nin bulunduğunu, buraların pek mamur olmadığını yazar. Bebek’in rağbet gören bir semt haline gelmesi III. Ahmet ve sadrazamı Damat İbrahim Paşa zamanında rastlar. Bu dönemde Bebek Bahçesi’nde Hümayun abad Kasrı, Bebek Camii, mektep, çeşme,hamam,değirmen ve dükkanlar inşa edilmiş; semt şenlenmeye, kalabalıklaşmaya başlamış; Türkler,Rumlar,Yahudiler,Ermeniler semtte köşkler, konaklar, yalılar yaptırmışlardır. Vakanüvis Küçük çelebizade Asım Efendi, bu sıralarda Hasan Halife Bahçesi’nden Kayalar Köyü’ne kadar uzanan miri arazinin parsellenerek halka satıldığını ve sahil devlet ricarine ayrılırken, köyün içindeki arsaların halk tarafından satın alınarak evler yapıldığı yazar. 18. ve19.yy’a ait bütün gravürlerde, Bebek,Bebek Kasrı’nın egemen olduğu sahilde yalıların birbirini izlediği, tepelere doğru birkaç ahşap köşkün süslediği, bol ve ulu ağaçlıklı bomboş, yeşil yamaçlara yaslanmış bir semt olarak görülür. 18. yy sonunda 19. yy ortalarına kadar olan dönemi kapsayan Bostancı başı Defteri’nden, Arnavutköy iskelesinden Rumelihisarı’na uzanan bu sahilde, şeyhül islam, Rumeli kazaskeri, reisül küttab, hekimbaşı gibi devret ricarinin, birkaç nesil aynı ailenin elinde kalmış ya da kalacak olan 40 kadar sahır saray ile bahçelerin bulunduğu anlaşılmaktadır. Bunların arasında Hizmet zadeler,Durri zadeler, Yesari zadeler ve Elmas zadelerin yalıları dikkati çekmektedir. 1814 –1815 arasına tarihlenen bir Bostan başı Defteri’nde Arnavutköy’den Rumelihisarı’na doğru başlıca yapılar şunlardır: Halil Paşazade Nuri Paşanın yalısı,kardeşi İstanbul Kadısı Arif Efendinin yalısı,Biniş-i Hümayum yeri,Beyhan Sultan Salih sarayı, Sadaret Kethüdası İbrahim Efendi zevcesinin yalısı, Miri peksimet fırını, Hekim Başı yalısı, Hımmet zade Yalısı, Şeyhül islam Dürrizade Yalısı, Bebek Kasrı,Sultan Ahmet camii,mektep,Bebek İskelesi, Kadı Mehmet Efendi’nin Yalısı, Dürrizade kızının Yalısı, Molla Efendi Yalısı, sabık Hekimbaşı Behçet Efendi Yalısı, Topçu başı Emin Ağa zadenin Yalısı... Halil paşazade Arif Efendi Yalısı önce Rauf Paşa’ya,sonra Sadrazam Ali Paya’ya ondanda Mısır Hıdivi Abbas Hilmi Paşanın annesi Prenses Emine’ye geçmiş ve Valide Paşa Yalısı diye tanınmıştır. Eski ahşap yalının yerine bugün Mısır Konsolosluğu olan art nouveau tarzındaki kağir yalı inşa edilmiş ve prens ölürken bu yalıyı Mısır Krallığı’na bağışlamıştır. Çevrenin en ünlü ve görkemli yalısı olan Hümuyun abad Bebek Kasrı ise 1846’da,Abdülmecid zamanında yıktırılmıştır. Günümüzde kalmayan Köçeoğlu Yalısı ile 19.y’ın en görkemli Yalılarından Said Halim Paşa Yalısı da Bebek’teydi. Kayalar Mescidi’ne yakın Yılanlı yalı’nın restorasyon geçirmiş selamlığı halen ayaktadır. Boğaziçi’nin bugüne gelen en eski evlerinden olan 1751 tarihli Kavafyan Konağı da Bebek’tedir. Semtin yazlık olmaktan çıkıp sürekli yaşanan bir semt haline gelmesinden 19.yy ortasının sonundan itibaren vapur seferlerinin başlamasının, daha sonrada tramvayın gelmesinin payı vardır. 19.yy sonundan itibaren sahilde ve sırtlarda doğru yalılar ve köşkler çoğalmıştır. 1914’te Şirket-i Hayriye’nin yayımladığı Boğaziçi adılı kitapta, Bebek’te çoğunluğun İslam olduğu,ancak İngiliz,Fransız ve Amerikalıların da bulunduğu kaydedilmektedir. Amerikalıların varlığı 1863’te Bebek sırtlarından kurulan Robert Kolej ve Arnavutköy Amerikan Kız Koleji’nde ders veren öğretmenlere bağlana bilir.1960’ta R.E . Koçu’ya göre 414’ü ev, 187’si apartman dairesi olmak üzere toplam 739 hanenin bulunduğu Bebek semti, günümüzde Boğaziçi’nin en seçkin ve lüks sayılan semtlerindendir. Nüfus kompozisyonunda eskiden olduğu gibi yine yabancıların önemli bir yeri vardır. Bir zamanlar,kötü havalarda teknelerin sığınmaya çalıştıkları ve bir dönemde kalafat yeri olarak kullanılmış Bebek Koyu bugün yatların, yelkenlilerin ve sürat motorlarının demirledikleri bir koy görünümündedir. Bebek Vapur İskelesi’nin ve Bebek Camii’nin yanında halen Mısır Konsolosluğu’na doğru park olarak uzanan bölgede 1908’de II. Meşrutiyet ilan edildiğinde halka açık bir “ Millet Bahçesi”, birde deniz kenarına bir gazino yapılmış;Bebek Gazinosu bilinen bu gazino 1957 –1958 arasında Bebek Meydanı yeniden tanzim edilirken kaldırılmış,1960’larda yeniden açılmış, nihayet 1980 sonrasında park yeniden tanzim edilirken gazino bütünüyle yok olmuştur. 1965 –1970 sonrasındaki Boğaz tepelerini ve korularını tahrip eden hızlı yapılaşma sırasında Bebek sırtlarının yeşili tamamen ortadan kalkmış: ahşap ve eski kagir evler yıkılarak yerlerine apartmanlar dikilmiş, bebek yokuş ama çok işlek bir yolla tepedeki Etiler’e bağlanmıştır. Güney’deki Küçük bebek kesimi kuzeydeki Büyük bebek kesimine olanla daha yoğun bir yerleşmedir. Akıntı burnundan Aşiyan’a doğru sahilde pek az yalı kalmıştır. Buradan yoğun trafikli sahil yolu geçmektedir.